Das Gouvernementsmuseum entstand in Tobolsk 1870 und wurde zum ersten Museum in Sibirien. Als Grundlage dafür diente die Sammlung von Iwan Juschkow, Sekretär des Gouvernementskomitees für Statistik. Er sammelte alles, was mit den Stammvölkern, sibirischen Tataren und den Eingesessenen vom russischen Tobolsk verbunden war. Das eigene Gebäude erhielt das Museum im Jahre 1889. Der Kurator des Gouvernementsmuseums war der künftige Imperator Nikolai II.
Das Gouvernementsmuseum von Tobolsk wurde 1900 mit dem Diplom und der Medaille der Weltausstellung in Paris ausgezeichnet. Heutzutage werden im eleganten Gebäude des Gouvernementsmuseums die ethnographischen, archäologischen und paläontologischen Fundstücke aufbewahrt. Hier muss man unbedingt die einzigartigen Arbeiten der Beinschnitzer, die aus Mammutstoßzähnen oder Elchhorn von Tobolsker Meistern, ausgeschnittenen Figuren bewundern. Das andere Museumsjuwel sind die aus den abgelegenen Dörfern des Tobolsker Gebiets gebrachten Lindenholztafeln, (russ. Lubki). Daneben befindet sich auch die Sammlung des Kunstmuseums mit Zeichnungen und Malereien des XIX.-XX. Jahrhunderts.
Im Jahre 2007 entstand auf dem Platz vor dem Museum eine bronzene Kutsche mit zwei Pferden — eine beliebte Stelle heute, wo sich die Touristen und Jungverheirateten fotografieren lassen.