Afra war Vestalin in römischem Augusta Vindelicorum und gleichzeitig Christin. Im Eifer der Christenverfolgungen, die während der Herrschaftszeit des Kaisers Diokletian stattgefunden hatten, wurde sie von römischen Soldaten zu Tode gequält. Einige Zeit später wurden die Verfolgungen beendet, das Christentum rehabilitiert und Afra zur heiligen Patronin Augsburgs ernannt. Der erste Tempel zu ihren Ehren wurde in der Stadt im 5. Jahrhundert erbaut und ist bedauerlicherweise bis heute nicht erhalten geblieben.
Im 10. Jahrhundert war der Bischof Ulrich in Augsburg besonders verehrt. Er hat nämlich mit seinen Gebeten die Stadt von dem Überfall der ungarischen Nomaden gerettet. Seit dieser Zeit wurden seine Reliquien neben den Reliquien von Afra in der Basilika behalten.
Allmählich wurde die Basilika St. Ulrich und Afra zur bedeutendsten Kirche der Stadt. Dort liegen die berühmtesten Augsburger begraben. Im 9. Jahrhundert wurde dort z.B. St. Simpert - der Neffe von Karl dem Großen, bergaben. Während im Jahre 1474 die neue Basilika bzw. die heutige Basilika auf dem Platz der alten errichtet wurde, hatte man auch den Grabstein von St. Simpert restauriert. Die anderen in der Basilika begrabenen Augsburger waren Bankier des Geschlechtes Fugger.
Die Basilika St. Ulrich und Afra ist zwar eine katholische Kirche, jedoch befinden sich dort auch etwa 30 russische orthodoxe Ikonen. Dicht neben der Basilika steht die evangelische Kindertagesstätte St.Ulrich.