Stiftskirche St.Peter und Alexander ist die älteste Kirche Aschaffenburgs. Sie wurde im Jahre 975 im Auftrag des Herzogs von Schwaben und Otto I. von Bayern errichtet. Der Tempel wurde für mehrere Jahrhunderte umgebaut, so dass die Basilika im romanischen Stil von dem gotischen Glockenturm ergänzt wurde. Auf der Nordseite der Kirche ist ein Treppenhaus im Barockstil. Innen ist es ein triumphales Kreuz des 10. Jahrhunderts. Es wird angenommen, dass es als Geschenk von der Äbtissin des Bistums Essen Mathilde in Erinnerung an seinen Bruder Herzog Otto dem Schwäbischen der Kirche gegeben wurde. Unter anderem gibt es Meisterwerke - Steinkanzel frühbarocke Werke von Hans Juncker, das Bild "Lamentation"( Beweinung Christi) von Matthias Grünewald.
Im Jahre 1541, auf dem Höhepunkt der Reformation, war Kardinal Albrecht von Brandenburg gezwungen, seinen Wohnsitz in Halle zu verlassen und nach dem katholisch gebliebenen Aschaffenburg umzuziehen. Der Kunstförderer nahm mit sich mehrere Kunststücke, darunter auch den Altar der Heiligen Magdalene, der in den 1520er Jahren auf seine Bestellung in der Werkstatt von Lucas Cranach der Älteren gemacht worden war. Seit Jahrhunderten wurden Fragmente des Altars in verschiedenen Orten gespeichert, aber jetzt sind sie alle im Kirchenmuseum der Heiligen Peter und Alexander versammelt